随着善化区成为南科发展重镇，善化区发展前景看好，加上未来还有捷运路网规画加入，铁路立体化须同步考量系统衔接，因此近期台南市议会通过善化地区铁路立体化可行性研究案规画，后续将送交通部审查。 台南市交通局综合规划科长李明德说明，「台南市政府考量善化南科地区的未来发展性，全力推动善化地区铁路立体化，未来善化高架车站将与捷运深绿线共构，原先被铁路分隔的两侧土地皆能有效发展。 」善化早期铁路阻隔问题不严重，但2021年起捷运深绿线纳优先路网，有与善化车站转乘衔接需求，因此重新启动铁路立体化研究。

台南市交通局去（2025）年3月开始进行善化地区铁路立体化可行性研究，针对工程及财务条件评估，总经费估131亿4000多万，地方政府须负担经费约30.97亿元，工程及财务面均评估可行。 善化区民众认为，「高架化比较方便，可能下面可以通了，比较不会那么复杂。 」善化区小新里长黄瑞芳指出，「铁路隔离变成两个景象，就是说我们这边农地比较多，好像比较农村一点，那边都市一点，陆桥拿掉以后我们可以通行无阻，而且可以开发我们后火车站这边。 」可行性研究案规画内，未来立体化后消除苓仔林、小新营路、坐驾里路平交道，并拆除光文、大成2座陆桥，善化车站采原地高架方式改建，且善化车站周边仍有一定腹地，会进一步思考车站周边土地整体开发。