隨著善化區成為南科發展重鎮，善化區發展前景看好，加上未來還有捷運路網規畫加入，鐵路立體化須同步考量系統銜接，因此近期台南市議會通過善化地區鐵路立體化可行性研究案規畫，後續將送交通部審查。 台南市交通局綜合規劃科長李明德說明，「台南市政府考量善化南科地區的未來發展性，全力推動善化地區鐵路立體化，未來善化高架車站將與捷運深綠線共構，原先被鐵路分隔的兩側土地皆能有效發展。 」善化早期鐵路阻隔問題不嚴重，但2021年起捷運深綠線納優先路網，有與善化車站轉乘銜接需求，因此重新啟動鐵路立體化研究。

台南市交通局去（2025）年3月開始進行善化地區鐵路立體化可行性研究，針對工程及財務條件評估，總經費估131億4000多萬，地方政府須負擔經費約30.97億元，工程及財務面均評估可行。 善化區民眾認為，「高架化比較方便，可能下面可以通了，比較不會那麼複雜。 」善化區小新里長黃瑞芳指出，「鐵路隔離變成兩個景象，就是說我們這邊農地比較多，好像比較農村一點，那邊都市一點，陸橋拿掉以後我們可以通行無阻，而且可以開發我們後火車站這邊。 」可行性研究案規畫內，未來立體化後消除苓仔林、小新營路、坐駕里路平交道，並拆除光文、大成2座陸橋，善化車站採原地高架方式改建，且善化車站周邊仍有一定腹地，會進一步思考車站周邊土地整體開發。