受到中秋连假门诊休诊影响，国内上周类流感门急诊达13.8万人次，虽然较前一周略微下降，但疫情仍处于高点，上周添加87例重症及30例死亡，死亡数追平本流感季新高纪录。 值得注意的是，死亡个案中年纪最小的是南部2岁男童，9月上旬高烧40℃，到诊所就医快筛为A型流感，隔天意识不清送医院急诊，检查发现有脑水肿，后续病程快速恶化，住院2周左右仍不幸过世。 疾管署防疫医师林咏青指出，「他的这个症状一直没有改善，而且后来的这个脑部电脑断层显示，他的脑水肿其实有恶化的状况，那研判是有这个造成这个急性坏死性脑炎，那在这个9月下旬的时候，还是不幸的过世。

」为了加强民众保护力，公费流感及新冠疫苗第一阶段将于10月1日起开打，不过传出莫德纳药厂近年研发「流感+新冠」二合一疫苗，欧洲去（2025）年已经通过疫苗药证，最快明（2027）年就可供民众接种，也就是只要打一针，就能同时预防2种疾病，外界关心台湾是否也有机会引进或开放公费接种「流感+新冠」二合一疫苗呢？ 疾管署发言人林明诚表示，「所有台湾接种的疫苗，我们都会提到疫苗接种委员会去讨论，那讨论的话，不外乎两个重点，一个是疫苗的效益、保护的效力啦，一个是疫苗的价格。

」疾管署强调，10月1日起，年满18岁民众只要接种新冠、流感及肺炎链球菌疫苗，就可分别获得900、450及600健康币，若3种同时接种就可赚到1950健康币，且自费接种也算，累积之健康币可于12月起兑换健康商品。 疾管署提醒，流感疫情目前正处于高峰，要到10月中旬才会反转向下，建议民众接种疫苗，可以降低感染后并发重症及死亡的风险。