航班追踪网站数据显示，长荣航空从台北飞往维也纳的BR65航班，29日凌晨飞越巴基斯坦上空。 巴基斯坦28日证实，因「一中政策」禁止台湾航空公司飞越领空，但同日又突然撤回禁令，重新核发华航与长荣航空飞越许可到明年3月。 对于巴国政策转弯，行政院批评，相关做法将空域政治化。 行政院发言人李慧芝表示，「巴基斯坦扈从中国，无视国际规范还有现实，进行冲击包括飞航还有贬抑我国主权，将空域政治化以及武器化的行径，我们高度遗憾。 」交通部民航局副局长林俊良说明，「飞行的路径跟它的动态，基本上我们民航局会跟业者保持联系，也会尊重业者在弹性上的调整。

」似乎受巴基斯坦禁令影响，日前华航CI75航班以及长荣航空BR88，睽违4年重返北航路，行经俄罗斯领空，引发讨论。 而长荣航空BR65航班25日虽然走南航路，但路径再往南边飞，避开巴基斯坦上空，导致航程比经过巴基斯坦上空多出大约1小时。 长荣大学航运管理学系教授黄泰林认为，「你走南部的部分、南航线的部分，你要协调的国家比较多，每一个国家的费用也不同；你走北航线所牵涉到的国家比较少。 」黄泰林认为，北航路面临俄乌战争威胁，南航路同样有美伊冲突等风险变量，南北2条航线航空公司都会保留，也会研拟相关备案。 不过陆委会示警，从先前总统赖清德出访史瓦帝尼受阻，到这次巴基斯坦禁令，不排除中方仍会鼓动与他们交好的国家，利用民航航路孤立台湾。

陆委会副主委梁文杰表示，「这样的手法会越来越多。 老蒋总统在1971年我们被退出联合国的时候，他说庄敬自强、处变不惊。 」淡江大学国际战略研究所助理教授马准威分析，「但是它没有办法维持切断台湾的航空公司的通行，因为这个本质上是违反ICAO的精神。 希望航空跟航权它是常态性的，它不会被这个任何政治力所影响。 」马准威分析，国际民航组织ICAO对民航航权有严格规范，像这次巴基斯坦的手法，明显不符合规定，即使未来中方继续鼓动他国利用民航航路打压台湾，可能也无法维持太久时间，但面对这种骚扰手法，台湾仍难以完全杜绝。