航班追蹤網站資料顯示，長榮航空從台北飛往維也納的BR65航班，29日凌晨飛越巴基斯坦上空。 巴基斯坦28日證實，因「一中政策」禁止台灣航空公司飛越領空，但同日又突然撤回禁令，重新核發華航與長榮航空飛越許可到明年3月。 對於巴國政策轉彎，行政院批評，相關做法將空域政治化。 行政院發言人李慧芝表示，「巴基斯坦扈從中國，無視國際規範還有現實，進行衝擊包括飛航還有貶抑我國主權，將空域政治化以及武器化的行徑，我們高度遺憾。 」交通部民航局副局長林俊良說明，「飛行的路徑跟它的動態，基本上我們民航局會跟業者保持聯繫，也會尊重業者在彈性上的調整。

」似乎受巴基斯坦禁令影響，日前華航CI75航班以及長榮航空BR88，睽違4年重返北航路，行經俄羅斯領空，引發討論。 而長榮航空BR65航班25日雖然走南航路，但路徑再往南邊飛，避開巴基斯坦上空，導致航程比經過巴基斯坦上空多出大約1小時。 長榮大學航運管理學系教授黃泰林認為，「你走南部的部分、南航線的部分，你要協調的國家比較多，每一個國家的費用也不同；你走北航線所牽涉到的國家比較少。 」黃泰林認為，北航路面臨俄烏戰爭威脅，南航路同樣有美伊衝突等風險變數，南北2條航線航空公司都會保留，也會研擬相關備案。 不過陸委會示警，從先前總統賴清德出訪史瓦帝尼受阻，到這次巴基斯坦禁令，不排除中方仍會鼓動與他們交好的國家，利用民航航路孤立台灣。

陸委會副主委梁文傑表示，「這樣的手法會越來越多。 老蔣總統在1971年我們被退出聯合國的時候，他說莊敬自強、處變不驚。 」淡江大學國際戰略研究所助理教授馬準威分析，「但是它沒有辦法維持切斷台灣的航空公司的通行，因為這個本質上是違反ICAO的精神。 希望航空跟航權它是常態性的，它不會被這個任何政治力所影響。 」馬準威分析，國際民航組織ICAO對民航航權有嚴格規範，像這次巴基斯坦的手法，明顯不符合規定，即使未來中方繼續鼓動他國利用民航航路打壓台灣，可能也無法維持太久時間，但面對這種騷擾手法，台灣仍難以完全杜絕。