新虎尾溪全长近50公里，从林内乡重兴村行经11乡镇在台西乡蚊港出海，因为沿途是云林县重要的农业精华区，灌溉系统相当发达，供应包括莿桐、西螺等地区的农业灌溉用水。 云林农民表示，「如果能不要有什么残留毒，我们务农的就比较能丰收，每一样就会比较好，不然就怕生长不出来。 」云林农民认为，「稻子灌溉比较没关系，那如果像这些农作物就比较不行，因为会有菌。 」云林县环保局表示，新虎尾溪是云林重要灌溉用水河川，为维护农作物食品安全，现在将针对吴厝桥上游河段事业单位源头加强管理，拟订加严放流水标准，管制范围涵盖林内乡、莿桐乡、西螺镇及虎尾镇。

云林县环保局水质保护科长陈韦汝说明，「那主要是针对铜跟铅2个重金属来加严管制，以排放列管事业及工业区、污水下水道系统等等来作为管理对象，除了改善河水水质以外，主要是守护云林县农作物产品生产的环境。 」云林县环保局表示，根据环境部监测报告指出，新虎尾溪部分河段属于严重污染，环保局从2025年展开3年改善治理计划，去（2025）年先协助畜牧业者提升废水处理性能，让水质逐步从严重污染改善为中度污染，而现在再推动上游加严放流水标准草案研商，希望降低重金属污染风险，保障河川水质与农业灌溉安全。