新虎尾溪全長近50公里，從林內鄉重興村行經11鄉鎮在台西鄉蚊港出海，因為沿途是雲林縣重要的農業精華區，灌溉系統相當發達，供應包括莿桐、西螺等地區的農業灌溉用水。 雲林農民表示，「如果能不要有什麼殘留毒，我們務農的就比較能豐收，每一樣就會比較好，不然就怕生長不出來。 」雲林農民認為，「稻子灌溉比較沒關係，那如果像這些農作物就比較不行，因為會有菌。 」雲林縣環保局表示，新虎尾溪是雲林重要灌溉用水河川，為維護農作物食品安全，現在將針對吳厝橋上游河段事業單位源頭加強管理，擬訂加嚴放流水標準，管制範圍涵蓋林內鄉、莿桐鄉、西螺鎮及虎尾鎮。

雲林縣環保局水質保護科長陳韋汝說明，「那主要是針對銅跟鉛2個重金屬來加嚴管制，以排放列管事業及工業區、污水下水道系統等等來作為管理對象，除了改善河水水質以外，主要是守護雲林縣農作物產品生產的環境。 」雲林縣環保局表示，根據環境部監測報告指出，新虎尾溪部分河段屬於嚴重污染，環保局從2025年展開3年改善治理計畫，去（2025）年先協助畜牧業者提升廢水處理效能，讓水質逐步從嚴重污染改善為中度污染，而現在再推動上游加嚴放流水標準草案研商，希望降低重金屬污染風險，保障河川水質與農業灌溉安全。