栅栏放下，所有人车停下等列车经过。 台南市区铁路地下化计划第一阶段工程，在2009年正式核定后，历经17年，17日终于通车。 铁道迷陈小姐说：「铁路对我来说，是一个记忆的传承。 」涵洞附近人比车多，通车意味着地面铁道走入历史，于是通车前夕，许多铁道迷、民众来到铁路沿线，想留下地上列车最后身影。 公视新闻记者陈奂宇指出，「来到东区光华街的这一个铁路涵洞，最近有不少的铁道迷会来这边拍照，就是要记录下，火车跟机车交错经过的珍贵画面。 」南铁地下化北起大桥车站南端，南至大林路平交道以南，沿线将增设林森及南台南2通勤站，全长8.23公里。

工程2017年分阶段开工后，就面临地质及管线避让等挑战，由于是临轨施工，铁道局做了地质改良、电子围篱等多项保护措施，来保护营运中轨道的安全。 铁道局南部工程分局副分局长王淳玄说明，「隧道在施作连续壁，还有在开挖的时候，因地下水位高，都会面临很大的水的跟地质的压力。 」大小不一的铁质砲弹陈列在展柜中，南铁地下化工程共挖出20处文资遗构，横跨史前、清代、日治及战后时期，每挖出一处就得停工，做勘查鉴定并决定后续处置，光东门路砖砌遗构就让工程停滞约2年。 但除了工程本身的挑战，南铁地下化在用地取得部分，当年也面临许多争议。

住户群起抗议，1991年开始构思的地下化工程，最初曾考虑原轨地下化，但考量经费、工期及开发效应等因素，最终2009年核定东移方案，导致沿线有323户民宅面临全拆或半拆，部分拒绝迫迁的住户开始长达9年的抗争。 反铁路东移自救会会长陈致晓表示，「我觉得至少要去修政府信息公开法，想要了解真相的老百姓，才能够获得完全的数据。 」回顾陈抗过程，陈致晓仍有无力感，认为台湾土地征收等相关法规，对民众居住权保障不足。 学者及民团认为，政府应通盘检讨现有补偿机制及配套措施。 国立成功大学交通管理科学系教授郑永祥指出，「我们有些什么样的机制跟提供一个充分的诱因，让可能受影响的这些拆迁户能够，被拆迁户能够愿意，而且能够去支持这样的一个公共工程。

」监督施政联盟召集人陈椒华则认为，「土地征收这方面能够更审慎考量，那当然就是在法律这个部分，在土地征收的这个部分，应该还是要赶快修法。 」南铁地下化被政府视为都市缝合的重要工程，能消弭台南车站东西两侧隔阂、带动交通及经济发展。 但通车不代表完工，铁路下地后原轨道区将空出8公里廊带，学者呼吁政府翻转过去以车为本的思考模式，尽可能保留绿地，让台南能转型走向人本城市的发展。