柵欄放下，所有人車停下等列車經過。 台南市區鐵路地下化計畫第一階段工程，在2009年正式核定後，歷經17年，17日終於通車。 鐵道迷陳小姐說：「鐵路對我來說，是一個記憶的傳承。 」涵洞附近人比車多，通車意味著地面鐵道走入歷史，於是通車前夕，許多鐵道迷、民眾來到鐵路沿線，想留下地上列車最後身影。 公視新聞記者陳奐宇指出，「來到東區光華街的這一個鐵路涵洞，最近有不少的鐵道迷會來這邊拍照，就是要記錄下，火車跟機車交錯經過的珍貴畫面。 」南鐵地下化北起大橋車站南端，南至大林路平交道以南，沿線將增設林森及南台南2通勤站，全長8.23公里。

工程2017年分階段開工後，就面臨地質及管線避讓等挑戰，由於是臨軌施工，鐵道局做了地質改良、電子圍籬等多項保護措施，來保護營運中軌道的安全。 鐵道局南部工程分局副分局長王淳玄說明，「隧道在施作連續壁，還有在開挖的時候，因地下水位高，都會面臨很大的水的跟地質的壓力。 」大小不一的鐵質砲彈陳列在展櫃中，南鐵地下化工程共挖出20處文資遺構，橫跨史前、清代、日治及戰後時期，每挖出一處就得停工，做勘查鑑定並決定後續處置，光東門路磚砌遺構就讓工程停滯約2年。 但除了工程本身的挑戰，南鐵地下化在用地取得部分，當年也面臨許多爭議。

住戶群起抗議，1991年開始構思的地下化工程，最初曾考慮原軌地下化，但考量經費、工期及開發效應等因素，最終2009年核定東移方案，導致沿線有323戶民宅面臨全拆或半拆，部分拒絕迫遷的住戶開始長達9年的抗爭。 反鐵路東移自救會會長陳致曉表示，「我覺得至少要去修政府資訊公開法，想要了解真相的老百姓，才能夠獲得完全的資料。 」回顧陳抗過程，陳致曉仍有無力感，認為台灣土地徵收等相關法規，對民眾居住權保障不足。 學者及民團認為，政府應通盤檢討現有補償機制及配套措施。 國立成功大學交通管理科學系教授鄭永祥指出，「我們有些什麼樣的機制跟提供一個充分的誘因，讓可能受影響的這些拆遷戶能夠，被拆遷戶能夠願意，而且能夠去支持這樣的一個公共工程。

」監督施政聯盟召集人陳椒華則認為，「土地徵收這方面能夠更審慎考量，那當然就是在法律這個部分，在土地徵收的這個部分，應該還是要趕快修法。 」南鐵地下化被政府視為都市縫合的重要工程，能消弭台南車站東西兩側隔閡、帶動交通及經濟發展。 但通車不代表完工，鐵路下地後原軌道區將空出8公里廊帶，學者呼籲政府翻轉過去以車為本的思考模式，盡可能保留綠地，讓台南能轉型走向人本城市的發展。