国土交通省的飞行检查机在机场待命，准备起飞。 日本东京羽田机场4日清晨5时44分左右，差点发生一架全日空客机与飞行检查机相撞的意外。 当时这架编号NH968航班的波音客机，从中国上海出发飞往羽田机场，客机在羽田机场上空下降到约1000英尺、相当于离地面304公尺高空时，机上的TCAS空中防撞系统突然发出警报，机长紧急操控飞机爬高。 日本NHK主播副岛萌生指出，「因为同一时刻，在全日空航班飞行方向的正下方，正有一架飞行检查机横切飞过。 全日空客机的机长依照指示爬升客机，采取避免撞上的措施。 」依照瑞典航班追踪网站指出，当时2架飞机最近距离的水平距离为1250公尺、垂直距离约30公尺。

因为采取爬高、重飞降落措施，航班也耽误降落时间，所幸机上机组员与乘客共197人全都平安落地。 由于差点发生空中撞机危机，加上2024年1月，曾发生日航客机撞上海上保安厅飞机，造成多人死伤的重大事故，国土交通省也展开调查，确认当时客机要降落在机场C跑道，但穿越客机下方的飞行检查机，是依照规定从D跑道起飞，以U字体转回机场上空，检查机场的无线设备与雷达情况；2架飞机最近距离为水平距离1100公尺、垂直距离75公尺，因此检查机上的TCAS系统并没有发出警报。 有相关人士透露，当时2架飞机的机长都能看到对方飞机，也认为没有危险性。 目前国土交通省已经判定，这起空中惊魂事件中，2架飞机都是依照指示路线降落与起飞，不属于重大事件。