國土交通省的飛行檢查機在機場待命，準備起飛。 日本東京羽田機場4日清晨5時44分左右，差點發生一架全日空客機與飛行檢查機相撞的意外。 當時這架編號NH968航班的波音客機，從中國上海出發飛往羽田機場，客機在羽田機場上空下降到約1000英尺、相當於離地面304公尺高空時，機上的TCAS空中防撞系統突然發出警報，機長緊急操控飛機爬高。 日本NHK主播副島萌生指出，「因為同一時刻，在全日空航班飛行方向的正下方，正有一架飛行檢查機橫切飛過。 全日空客機的機長依照指示爬升客機，採取避免撞上的措施。 」依照瑞典航班追蹤網站指出，當時2架飛機最近距離的水平距離為1250公尺、垂直距離約30公尺。

因為採取爬高、重飛降落措施，航班也耽誤降落時間，所幸機上機組員與乘客共197人全都平安落地。 由於差點發生空中撞機危機，加上2024年1月，曾發生日航客機撞上海上保安廳飛機，造成多人死傷的重大事故，國土交通省也展開調查，確認當時客機要降落在機場C跑道，但穿越客機下方的飛行檢查機，是依照規定從D跑道起飛，以U字型轉回機場上空，檢查機場的無線設備與雷達情況；2架飛機最近距離為水平距離1100公尺、垂直距離75公尺，因此檢查機上的TCAS系統並沒有發出警報。 有相關人士透露，當時2架飛機的機長都能看到對方飛機，也認為沒有危險性。 目前國土交通省已經判定，這起空中驚魂事件中，2架飛機都是依照指示路線降落與起飛，不屬於重大事件。