16日深夜，台南火车站月台挤满送别人潮，有人拍影像纪录、有人挥手，跟地下化前最后一班车说再见。 参与民众说：「这样时代，一个时代就过了，真的，哇，真的很感叹，陪伴了我很久的火车站，就这样子变到地下化了。 」列车原订16日晚间10时29分出发，却因平交道有人闯入铁轨延误17分钟到站，到10时46分，司机员鸣笛3声后，第145次南下自强号列车缓缓驶离地上月台。 末班车离开后，工作人员连夜切换轨道，17日上午6时30分首班自强号列车开进地下月台。 交通部长陈世凯表示，「要做切换轨道的工程，并且要把所有的包含今天所需要的售票的接口，还有整个票务的接口，整个要把它衔接上来。

」总统赖清德说：「地面是古迹的火车站，地下是一个新的、新的国际级的火车站，新旧融合在一起，这个是全台湾、我们的台南是第一个。 」铁路地下化后，具有百年历史的台南车站旧站仍会保留，成为新旧共融的车站，台南市也将配合中央推动地面设施拆除等周边道路系统集成，逐步改善过去受铁路阻隔的都市空间。