因應海巡署艦艇部署及新造艦艇陸續建置所衍生的泊位需求，臺灣港務股份有限公司持續優化全台商港泊位配置，除既有提供海巡署使用的約26座船席外，更積極推動專用碼頭代辦興建工程，預計再增加約14座船席，全力支援海巡艦艇靠泊需求，在兼顧港口營運效率的同時，強化國家海域安全與海上執法量能。 臺灣港務公司表示，自110年起即積極配合海巡署碼頭使用規劃，目前已於七大國際商港及兩大國內商港，穩定提供約26座船席供海巡署使用。 未來也將持續於基隆、臺北、蘇澳、臺中、高雄、花蓮等港，依海巡勤務及艦艇部署需求，彈性調度現有港區泊位，提高港口空間使用效率。

除了現有泊位調度外，港務公司也同步推進海巡專用碼頭建設，包括臺北港、臺中港、高雄港、安平港及澎湖港龍門港區等多項代辦興建計畫，預計完成後可再增加約14座船席，提供海巡艦艇更充足、穩定的專用泊位，因應未來新造艦艇靠泊需求。 面對海巡署造艦計畫及艦艇部署持續調整，港務公司指出，除依各商港區域條件規劃公務碼頭，也自114年起主動與海巡署展開全面溝通協調，依不同艦艇型式、部署位置及實際勤務需求，滾動檢討泊位配置，並同步從工程面完善碼頭岸水、岸電等設施，以及海巡人員進出碼頭的交通動線。 港務公司表示，雙方已歷經多次現地會勘、協調及研商，目前已就各港現有泊位調度與代辦工程建設計畫取得共識，各項工作均依既定目標及期程穩健推進。

港務公司強調，海巡泊位相關建設已積極納入規劃及推動，後續將全力趕辦各項工程，力求如期如質完成，逐步建構更完善且充足的海巡專用泊位，滿足海巡署新造艦艇及日常執勤需求。 兼顧「港口營運」與「國防邊境安全」雙重需求未來，臺灣港務公司也將持續與海巡署維持密切橫向聯繫，建立單一窗口與即時協調機制，依海巡公務船舶靠泊需求滾動檢討泊位配置，在確保港口正常營運的同時，以具體行動支援海巡執勤與國家海域安全。 港務公司表示，商港是國家重要基礎建設與海運門戶，面對海巡艦艇規模及勤務需求持續提升，將持續以港口整體空間配置及工程建設為後盾，與海巡署攜手完善港區支援能量，兼顧「港口營運」與「國防邊境安全」雙重需求。