《美麗島電子報》董事長吳子嘉，22日因派發選舉文宣，遭檢調大規格搜索，由於吳子嘉在本屆選舉，站隊藍營竹縣長提名人徐欣瑩，並且猛打對手陣營鄭朝方家族黑料，檢調動作立刻引發關注。然而，檢調本屆選舉調查對象，不乏競爭激烈選區，嘉義竹崎鄉長候選人何子凡，在選號抽籤當日，遭檢方以去年組團赴中旅遊獲對岸招待被調查；而日前因光電弊案，遭檢方聲押的蕭文龍，同樣也參選了本屆鳳林鎮長選舉；連同9月遭羈押的彰化縣議長謝典霖，以及宜蘭壯圍鄉長候選人張家豪，檢調在本屆選舉的動作，不可謂不大。

九合一選舉，是總統與立委選舉的前哨戰，鄉鎮首長、議員民代，都是政治人物更上層樓的樁腳。先前，《報導者》針對本屆選舉「洋流」現象，討論了民進黨內部重要的「造王者」新潮流系，這在2024年新系領袖賴清德當選總統之後，新系從去年的「大罷免」與今年的「九合一」，角色愈來愈吃重，還吸納了台灣基進、綠黨以及青鳥運動重要成員。不過在此同時，新系的排他性並未減少，新系執政縣市提名過程，新系與其他派系之間，也存在潛在的張力。